0%

شرکت توپاز ژن کاوش


شرکت دانش بنیان توپاز ژن کاوش ( تاسیس در سال 1391) در راستای انجام رسالت اجتماعی خود و با فعالیت دانش بنیان خود در زمینه تولید محصولات مرتبط با بیوتکنولوژی و ارائه خدمات کامل ژنومیکس و پروتئومیکس موفق به ارائه باکیفیت ترین محصولات و خدمات در این زمینه و جلب اعتماد جامعه بزرگ محققان عزیز کشور مان گردیده است .

با تکیه بر کیفیت و دقت محصولات و خدمات و پشتیبانی تیم تخصصی (Ph.D level) خود، شرکت توپاز ژن همواره همراه و حامی مشتریان عزیز خود در دانشگاهها، مراکز تحقیقاتی، شرکتهای دارویی و آزمایشگاههای ژنتیک پزشکی تراز اول کشور حتی در پیچیده ترین پروژه های تحقیقاتی بوده است

توپاز ژنشرکت توپاز ژن کاوش


شرکت دانش بنیان توپاز ژن کاوش ( تاسیس در سال 1391) در راستای انجام رسالت اجتماعی خود و با فعالیت دانش بنیان خود در زمینه تولید محصولات مرتبط با بیوتکنولوژی و ارائه خدمات کامل ژنومیکس و پروتئومیکس موفق به ارائه باکیفیت ترین محصولات و خدمات در این زمینه و جلب اعتماد جامعه بزرگ محققان عزیز کشور ما نگردیده است .

با تکیه بر کیفیت و دقت محصولات و خدمات و پشتیبانی تیم تخصصی (Ph.D level) خود، شرکت توپاز ژن همواره همراه و حامی مشتریان عزیز خود در دانشگاهها، مراکز تحقیقاتی، شرکتهای دارویی و آزمایشگاههای ژنتیک پزشکی تراز اول کشور حتی در پیچیده ترین پروژه های تحقیقاتی بوده است.

سـوالات مــتداول

خط مشی شرکت توپاز ژن در قبال مالکیت معنوی نمونه و نتایج مشتریان چیست؟

پاسخ: حفاظت از مالکیت معنوی نمونه ها و نتایج مشتریان عزیز اولویت و مسئولیت اصلی ماست. شرکت توپاز ژن در خصوص عدم واگذاری اطلاعات شخصی مشتریان، اطلاعات نمونه و نتایج حاصل از آنالیزهای نمونه های مشتریان متعهد بوده و این مورد را قویا ضمانت می نماید. همچنین شرکت متعهد می باشد از نمونه های زیستی یا ژنتیکی مشتریان استفاده پایین دستی، بهره برداری در مطالعات، واگذاری به غیر صورت نگیرد. نمونه های زیستی و ژنتیکی یک هفته بعد از حصول نتایج در صورت موجود بودن در شرکت طبق پروتکلهای استاندارد، دفع و نابود می گردند.

تعهدنامه حفاظت از مالکیت معنوی نمونه در کلیه قراردادها موجود می باشد.

تفاوت کاربردهای توالی یابی سانگر با توالی یابی نسل جدید چیست؟

با توجه به ماهیت توالی یابی سانگر در ایجاد توالی با طول نسبتا بلند (تقریبا 800 جفت باز) و استاندارد طلایی دقت در دو خوانش فوروارد و ریورس ، این روش توالی یابی برای موارد زیر کاربرد دارد:

توالی یابی تک ژن ( محصول PCR و یا ژن کلون شده بر روی پلاسمید)

شناسایی میکروارگانیسم های کشت پذیر

شناسایی SNP ها و STR ها

شناسایی مارکرهای مولکولی

 

توالی یابی نسل جدید: با توجه به ماهیت توالی یابی نسل جدید در توالی یابی همزمان و موازی میلیونها قطعه اسیدنوکلئیک و تولید حجم انبوه داده توالی یابی، این روش توالی یابی در موارد زیر کاربرد دارد:

توالی یابی کل ژنوم گیاه و یا جانور

توالی یابی ژنوم میکروارگانیسمها به صورت de novo

توالی یابی اگزوم و یافتن واریانتهای جدید، موتاسیونهای جدید و ناشناخته و …

توالی یابی امپلیکونها به تعداد بیش از 100 نمونه به طور همزمان و با هزینه کم به صورت بارکد شده

متاژنومیکس و بررسی کمی جوامع میکربی

توالی یابی ترانسکریپتوم و مجموع RNA های کوچک سلولی و یافتن ژنهای جدید مسئول در وقایع سلولی

شاخص Rin در کیفیت نمونه در تکنیک RNA Seq چیست؟

در پروژه های نسل جدید توالی یابی حصول نتایج با کیفیت مهمترین نشانه برای قابل اطمینان و قابل تکرار بودن آزمایش و نتایج حاصل است و این تنها در صورتی امکان پذیر است که ماده اولیه مورد استفاده با کیفیت باشد. در تکنیک توالی یابی ترانسکریپتوم شاخص (RIN (RNA Integrity Number به عنوان شاخص کمی استاندارد جهت آنالیز کیفیت RNA اولیه می باشد. محدوده شاخص RIN از 0 تا 10 متغیر بوده و بر اساس سایز و نسبت پیکهای 28s به 18s در RNA اولیه محاسبه می شود. مولکولهای 28s معادل 5 کیلو باز و مولکولهای 18s تقریبا 2 کیلو باز طول دارند و نسبت ایده ال بین 28s به 18s معادل 2.7 به 1 می باشد که البته به طور معمول نسبت 2 به 1 مورد توافق و مطلوب است. از آنجایی که مولکولهای RNA ریبوزومی پایدارترین نوع مولکولهای RNA سلولی می باشند میزان تجزیه این مولکولها شاخصی مطمئن برای تخمین تجزیه و تخریب RNA های دیگر سلول است. در یک RNA تخریب شده، طول پیکها از اندازه واقعی و مطلوب کوچکتر بوده و پیکهای مربوط به RNA های دگراده شده به صورت نویز در زمینه آنالیز و بین دو پیک به مقدار بیشتری مشاهده می شوند در این حالت عدد RIN کاهش می یابد.

Codon Optimization چیست و چه کاربردی در سنتز ژن دارد؟

اکثر اسیهای آمینه توسط کدون های متعددی کد می شوند که کدون مترادف نامیده می شوند. با این حال کدون های خاصی بیش از دیگر کدونها در هنگام ترجمه استفاده می شوند. این پدیده اصطلاحا ترجیح استفاده کدونی (codon usage bias) نام دارد و مختص به گونه می باشد. با توجه به فراوانی کدون های ژنتیکی، کدون های نادر در الگوی نوکلئوتیدی ژنهایی که سنتز می شوند می توانند با کدونهایی که فراوانی بیشتری در ژنوم میزبان دارند بدون تغییر در توالی اسید آمینه جایگزین شوند. این موضوع جهت افزایش بهره وری و بازده بیان ژن سنتزی در میزبان مورد نظر بسیار موثر و ضروری است. نرم افزارهای متعددی جهت بهینه سازی کدون به وجود امده و استفاده می شوند که اغلب علاوه بر تغییر کدون، مواردی مانند محتوای GC، توالی های تکراری و اجتناب از ایجاد سایت های برشی و ساختارهای ثانویه در mRNA را نیز به طور همزمان بررسی می نمایند.

شاخص های موثر بر کیفیت توالی یابی سانگر چه هستند؟
  • در توالی یابی محصول PCR و یا پلاسمید نوترکیب آنچه که بسیار اهمیت دارد رعایت تناسب بین طول باند و غلظت باند تخلیص شده محصول PCR و یا پلاسمید می باشد. لطفا توجه بفرمایید که غلظت بسیار زیاد محصول PCR الزاما مطلوب نیست.

لطفا به شکل زیر توجه فرمایید.

ژل الکتروفورز آگارز (تهیه شده توسط تیم متخصص توپاز ژن کاوش) تناسب غلظت محصول PCR با طول توالی مورد نظر برای توالی یابی را نشان میدهد. در صورت عدم امکان سنجش دقیق غلظت محصول PCR ، غلظت محصول PCR خود را با عکس فوق مطابقت داده و سپس جهت توالی یابی اقدام نمایید.

  • روش تخلیص پلاسمید و یا محصول PCR نیز در کیفیت نتایج بسیار موثر می باشد. در این زمینه استفاده از کیتهای ستونی تخلیص قویا پیشنهاد می شود. استخراج از ژل اغلب در توالی یابی نتیجه مطلوبی ندارد.
  • 40 -50 نوکلئوتید اولیه در توالی یابی سانگر اغلب نتیجه مناسبی ندارد. این ناحیه محل اتصال پرایمر می باشد. در صورتی که توالی دقیق این ناحیه مورد نیاز است کلونینگ محصول PCR و توالی یابی وکتور قویا پیشنهاد میشود.
  • طول خوانش در هر بار خوانش فوروارد و ریورس درتوالی یابی سانگر در بهترین حالت 800 نوکلئوتید می باشد. در صورتی که آمپلیکون مورد نظر طول بیش از 800 جفت باز دارد برای دستیابی به طول کامل قطعه از دو خوانش فوروارد و ریورس استفاده نمایید.
تفاوت بین واژه های scale و OD در بحث سنتز پرایمر چیست؟
  • پاسخ: دو واژه مقیاس سنتز(Synthesis scale) و میزان محصول (synthesis yield) همواره مورد بحث و پرسش می باشد. به بیان ساده واژه مقیاس سنتز بیانگر مقدارماده اولیه مورد استفاده برای سنتز اولیگو می باشد ودر واقع میزان انتهای3′ سنتز شده اولیگو می باشد. محصول نهایی که با OD نشان داده میشود رابطه مستقیمی با طول اولیگو دارد و با روشهای متفاوت تخلیص تغییر می کند. برای درک بهتر این دو مفهوم به جدول زیر مراجعه فرمایید.

Desalted purification method

برای سنتز ژن از چه وکتوری استفاده کنیم؟
  • برای انجام خدمت سنتز ژن، کارشناسان شرکت نمی توانند به شما وکتوری را بدون اطلاع کامل از پروژه معرفی کنند.محقق شخصا باید با توجه به پروژه ی مربوطه نسبت به انتخاب وکتور با توجه به منابع و مقالات مرتبط موجود، اقدام نماید

موقعیت

ما کجا هستیم؟

البرز- کرج- کمالشهر- بلوار شهدای جهاد دانشگاهی (بهشت سکینه)- پارک علم و فناوری البرز- ساختمان جی 4- واحد 2 و واحد 4

خانه درباره ماتماس